من جديد ، وعمل بهوا أمام المرقدين ، ثم أمر بنقل المقابر التي في صحن المرقد والتي أخذت تتزايد يوما بعد يوم ، أمر بنقلها إلى الصحراء في مقبرة خاصة ، كما قام بخدمات جليلة كثيرة . وفي سنة ( 961 ه‍ / 1554 م ) قدم إلى سامراء سيدي علي بن حسين المعروف سيدي علي رئيس معينا رئيسا للبحرية العثمانية من قبل السلطان العثماني سليمان الأول القانوني ، وقام سيدي علي رئيس - وهو سني - بزيارة الإمامين العسكريين ( عليهما السلام ) وهو في طريق توجهه من حلب إلى البصرة لقيادة الأسطول العثماني والتحرك به إلى مصر . وفي سنة ( 1106 ه‍ / 94 - 1695 م ) وقع حريق في داخل الروضة المشرفة نتيجة ترك الخدم لسراج موقد في مكان غير مناسب ، فوقعت منه نار على بعض الفرش فاحترق ، وأخذت النيران تسري في الخشب حتى التهمت صندوقي المرقدين والأبواب ، وجعلت كل شئ